Сюжет игры Grandia II разворачивается в фэнтезийном мире после битвы между богом света Гранасом и богом тьмы Валмаром, которая почти уничтожила планету. Главный герой, молодой наёмник Рюдо, берётся защищать певицу Елену из церкви Гранаса. В процессе путешествия герои узнают, что история церкви и мира не так проста, как кажется.