Binary Domain ставит игрока на роль Дэна Маршалла, лидера команды R.U.S.T, отправленной в Токио для задержания генерального директора Amada. Геймплей вращается вокруг боя от третьего лица, отряда и прикрытия. Игроки будут в основном взаимодействовать с армиями роботов, посланных Амадой, чтобы остановить их, но вместо того, чтобы просто иметь возможность стрелять и убивать роботов, они могут стратегически расчленить их, удаление их рук предотвратит их стрельбу, удаление ног приведет к замедлить их и т. д. Однако это может не остановить их навсегда, и в этот момент придется приложить дополнительные усилия.
Поскольку это также отрядная игра, игроки также смогут использовать ваш отряд, чтобы помочь вам победить некоторых из более крупных противников, заставляя их концентрировать огонь на определенных точках. Binary Domain также имеет распознавание голоса, поэтому игроки также могут отдавать голосовые команды товарищам по отряду AI, если у них есть для этого гарнитура.