Идёт 73-ий век от Рождества Христова. Прошло уже несколько тысяч лет с тех пор, как люди покинули обреченную Землю. Человечество, успевшее обжить множество других планет, теперь столкнулось с куда более серьезной проблемой, нежели загрязнение окружающей среды. Раса исполинских чудовищ под названием Gnosis нагло терроризирует космических эмигрантов. И что поразительно, эти уродливые монстры состоят из людских останков!
Специально для борьбы с внешней угрозой корпорацией Vector были разработаны прямоходящие роботы Anti Gnosis Weapon System (сокращенно AGWS). Но для подстраховки та же компания ведет параллельный проект KOS-MOS. Под этим интригующим названием скрывается не менее интригующая девушка-киборг. Руководитель проекта – молоденькая опять же девушка Сион Удзуки (Shion Uzuki) – и есть главная героиня повествования.