Сюжет рассказывает о недалеком будущем, где Земля подверглась нападению инопланетных захватчиков. Превосходящие силы противника сдерживает нанотехнологичный щит и группа уникальных супергероев. В их руках жизни миллиардов людей и надежда на светлое будущее.
Игровой процесс в The Wonderful 101 позволит взять под свое управление группу героев, обладающих сверхъестественными способностями. Благодаря новейшей технологии они трансформируются во всевозможные предметы, продиктованные сюжетной линией. Будь то гигантский пистолет, притягивающий к себе всевозможные объекты окружающего мира или рука, атакующая противника.
В процессе прохождения игрок получит доступ к боевому молоту, пробивающему сверхпрочную броню противника, замедляющим гранатам, атакующему с воздуха параплану и прочим полезным вещам. В процессе прохождения The Wonderful 101 геймер сможет привлекать в свои ряды местных жителей, увеличивая огневую мощь и тактическую мобильность отряда.