В игре Etrian Odyssey сюжет разворачивается в мире Этриан, где люди живут под землёй. Главный герой — молодой человек или девушка, который отправляется в путешествие, чтобы найти древний артефакт, способный вернуть мир на поверхность. В ходе путешествия герой встречает различных союзников и врагов, а также исследует подземелья и сражается с монстрами.